Преобразования в стране в 1985—1990 гг. отразились также и на судьбе Мытищинского завода: постановлением Совета Министров СССР в 1987 г. завод из ведения Минавтопрома СССР был передан в ведение Минтяжмаша СССР. В то же время на заводе был построен новый вагоносборочный корпус площадью 17 тыс. кв. м.
Завод перешел на выпуск модернизированных вагонов метро моделей 81–7175 (головной вагон) и 81–714.5 (промежуточный вагон). Модернизация заключалась в повышении надежности и пожаробезопасности его узлов и систем. В начале 90-х было освоено производство вагонов нового поколения — моделей 81–718 и 81–719 с тяговым тиристорно-импульсным электроприводом постоянного тока.
В 1986 г. начался выпуск новой модели самосвала ЗИЛ-ММЗ-45054. Это была оригинальная разработка ОГК, двигатель автомобиля использует природный газ.
В марте 1987 г. в Доме культуры ММЗ собрались представители трудовых коллективов для выборов нового генерального директора объединения. Место прежнего руководителя В. Н. Донскова, который с почетом ушел на заслуженный отдых, занял молодой и энергичный директор Нефтекамского завода автосамосвалов Ю. А. Гулько.
Новый директор развернул большую работу по созданию вагонов метро нового поколения, организовал строительство производственных корпусов для новых вагонов. Помимо этого, Ю. А. Гулько занялся активным жилищным строительством для рабочих завода, поскольку нехватка жилья была одной из причин текучести кадров.
С конца 80-х стала постепенно расширяться география внешнеэкономических связей завода. Началась структурная перестройка предприятия: был избран совет трудового коллектива (СТК), который впоследствии утвердил новую структуру управления ММЗ. Она предусматривала создание на предприятии трех производств: вагонного, автосамосвального и серийного. В конце 80-х на заводе стали возникать кооперативы.
В начале 1990 г. начался перевод объединения на новые методы хозяйствования, в результате которого было принято решение взять завод под аренду с последующим правом выкупа его у государства.
20 апреля 1992 г. на учредительной конференции трудового коллектива объединения было принято решение о преобразовании завода в акционерное общество «Метровагонмаш», председателем которого стал Ю. А. Гулько.
В 1993 г. завод продемонстрировал новую модель метровагона «Яуза», который представляет собой новую веху в истории метровагоностроения. В нем использованы многие новейшие достижения технического прогресса.
Свой 100-летний юбилей завод встретил достойно: акционерному обществу удалось сохранить и приумножить производственный потенциал, обеспечить работой основные и вспомогательные цеха, привлекать все больше потребителей как на внутреннем , так и на внешнем рынке. Продукция с эмблемой Метровагонмаша экспортируется в Германию, Иран, Египет, Индию, Саудовскую Аравию, Монголию, Китай.
Государственная премия РФ 2001 года в области науки и техники за создание и освоение производства вагонов метрополитена «Яуза» как базовой конструкции рельсового подвижного состава нового поколения для транспортных комплексов городов.
В 2001 году на Метровагонмаше появилось производство, выпускающее вагоны метро новых модификаций и рельсовые автобусы. Конструкция рельсового автобуса отличается своей новизной от всего раннее известного в железнодорожном транспорте. Рельсовый автобус предназначен для перевозки пассажиров на неэлектрифицированных участках железных дорог пригородного и межобластного сообщения.
В 2005 году АО «Метровагонмаш» вошло в состав АО «Трансмашхолдинг» - крупнейшего объединения предприятий транспортного машиностроения России, производящих магистральные электровозы тепловозы, промышленные электровозы и маневровые тепловозы, грузовые и пассажирские вагоны, судовые и тепловозные дизели, вагонное литье, вагоны электропоездов. Такое партнерство гарантирует повышение финансовой устойчивости предприятия, получение дополнительных заказов, выход на международную арену, доступ к передовым технологиям, создание равных условий в рыночной деятельности.
В 2010 году на рынке транспортного машиностроения России произошло важное событие: французская компания Alstom Transport и АО «Трансмашхолдинг» 31 марта подписали соглашение о стратегическом сотрудничестве в области технологий , производства и финансов. В соответствии с достигнутым соглашением Alstom будет оказывать поддержку в модернизации входящих в Трансмашхолдинг заводов и разработке нового поколения железнодорожной технике для российского рынка. Для АО «МЕТРОВАГОНМАШ» начался новый этап обновления, в целях совершенствования организации производства и труда вводится ряд новых стандартов и положений.
Мытищинский вагоностроительный завод — это не только производство, техника, транспорт, и вспомогательные службы, это еще и широко разветвленная сеть учреждений социальной инфраструктуры: детские сады, оздоровительные лагеря, медсанчасть, магазины, столовые, библиотеки и т. д.
АО «МЕТРОВАГОНМАШ» - мощное предприятие, обеспечивающее бесперебойную работу транспортных систем России и многих стран. Деятельность предприятия, его яркая история и убедительное присутствие на рынке транспортного машиностроения дают повод для гордости не только его сотрудникам и партнерам, но и всем пассажирам метрополитенов и железных дорог- всем жителям нашей страны.